В 1993 году Майкл Эмерсон решил продолжить театральное обучение и в том же году стал участником театрального фестиваля Shakespeare Festival, приводимого в штате Алабама. После окончания обучения, Эмерсон снова вернулся в Нью-Йорк, где принял участие в ежегодном показательном выступлении Alabama Shakespeare Festival. 1997 год стал годом прорыва для Майкла Эмерсона, он сыграл Оскара Уайльда в нашумевшей внебродвейской постановке Мойзеса Кауфмана "Gross Indecency: The Trials of Oscar Wilde".
В последующие годы Эмерсон продолжил играть во внебродвейских постановках вместе с Умой Турман, Кевином Спейси и Кейт Бартон. Он снимался в таких популярных сериалах как "Закон и Порядок", "Without a Trace" (Без следа), "Секретные материалы" и "The Inside" (Изнутри) помимо многих других В 2001 году Майкл Эмерсон получил Эмми за выдающееся исполнение роли серийного убийцы Уильяма Хинкса в телесериала канала ABC "The Practice". На большом экране он появлялся в таких фильмах как "Saw" (Пила), "Легенда Зорро," "Playing by Heart" (Превратности любви), "The Imposters," "Jumping off Bridges" (Прыгая с моста) и "Straight-Jacket" (Смирительная рубашка). В 2006 году Майкл Эмерсон приступил к съемкам в "Остаться в живых", где сыграл Бенджамина Лайнаса, эпизодического персонажа, которого в дальнейшем постановщики сериала решили сделать одним из основных действующих лиц.
Женат на актрисе Керри Престон.
